行政机关在行政诉讼中败诉的原因比较复杂，在作出具体行政行为时存在实体和程序上的违法或不当。主要表现在：

    一、事实不清、证据不足。行政诉讼法对事实和证据有明确的要求，并强调了证据的重要性，突出了行政机关举证的责任。行政机关在执法时，在没有充分掌握行政管理相对人的违法事实的情况下，就对行政管理相对人作出具体行政行为；或者虽然掌握了充分的证据，但在作出行政行为时没有严格按照法定的程序做好证据保存和证据记录，以至在诉讼时不能提供合法的和充分的证据，就可能在行政诉讼中被判败诉。

    二、适用法律不当。行政机关的行政行为必须依据国家法律、行政法规、地方法规和政府规章的规定进行。适用法律不当，一是行政机关在作出具体行政行为时所依据的法规或规章不适当，超出了宪法和国家法律的授权，或与宪法、现行国家法律相抵触。二是行政机关作出具体行政行为所依据的法律、法规及规章所调解的法律关系不适当。

    三、没有按照法定的程序作出具体行政行为。行政处罚法对行政程序作了明确规定，如行政执法时应出示执法身份证件，作出处罚时应说明根据、理由，作出处罚决定前的证据收集与调查、听取当事人的陈述与申辩，告知当事人权利，对重大处罚举行听证的制度等，违反这些程序作出具体行政行为，就是行政违法行为。

    四、行政执法主体不合法。行政主体本身的设立未经法定程序的，没有执法权力而行使了法定的权力的，没有经过授权而行使了其他行政机关的职权的，都属于主体不合法。

    五、滥用职权。不合理、不公正地使用行政机关的自由裁量权就是滥用权力。现实中的行政机关往往容易出现滥用自由裁量权的情况，一些行政机关为了个人的或者部门的不当利益，作出的具体行政行为显失合理与公正，侵犯公民、法人和组织的合法的利益，由此造成的行政诉讼就可能会被法院判决变更。

    六、行政不作为。行政不作为是指行政机关不履行法定职责或拖延履行法定职责的情形。如符合法定条件者向行政机关申请颁发许可证和执照，行政机关拒绝颁发或者不予答复的；申请行政机关履行保护人身权、财产权的法定职责，行政机关拒绝履行或者不予答复的。